Архівні документи Харківської області «Відомості про народні училища Богодухівського повіту за 1917 – 1918 роки свідчать про те, що перша школа в селі Хрущова Микитівка була відкрита у 1837 році. Називалась вона так: Хрущово – Микитівське народне училище. У закладі навчалося 45 учнів (усі хлопчики). Утримувався заклад на 60 гривень, які збирали з місцевих селян (це по 9 койок на селянина або 3 копійки з десятини землі).
У 1920 році в селі працювало 3 школи: одна чотирирічна на 200 учнів, яких навчало 4 вчителя, і дві трирічних по 50 учнів з одним учителем.
У 1935 році Хрущово – Микитівською сільською радою чотирирічна школа була реорганізована у семирічну. Під час війни школа не працювала. Після війни двоповерховий будинок чотирирічної школи було відремонтовано, школа стала семирічною політехнічною загальноосвітньою школою.
У 1957 році школа була реорганізована у восьмирічну, а з 1989 року – у дев’ятирічну.
З 1 вересня 2011 року – назва школи Хрущово – Микитівська загальноосвітня школа І-ІІ ступенів Богодухівської районної ради Харківської області.
З 1 вересня 2017 року – навчальний заклад реорганізовано у ХРУЩОВО– МИКИТІВСЬКУ ФІЛІЮ КОМУНАЛЬНОГО ЗАКЛАДУ «БОГОДУХІВСЬКА ЗАГАЛЬНООСВІТНЯ ШКОЛА І-ІІІ СТУПЕНІВ № 2» БОГОДУХІВСЬКОЇ РАЙОННОЇ РАДИ ХАРКІВСЬКОЇ ОБЛАСТІ
З 3 лютого 2020 року – назву закладу змінено на "Хрущово - Микитівська філія Комунального закладу «Богодухівський ліцей № 2» Богодухівської районної ради Харківської області"
З 20 лютого 2021 року – назву закладу змінено на "Хрущово - Микитівська філія Комунального закладу «Богодухівський ліцей № 2» Богодухівської міської ради Богодухівського району Харківської області"